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Conseils, science, sante et bien-être


Comment identifier rapidement les bactéries résistantes aux antibiotiques

Publié par MaRichesse.Com sur 27 Octobre 2016, 01:00am

Catégories : #SANTE-BIEN-ETRE, #ASTUCES, #SCIENCE

Comment identifier rapidement les bactéries résistantes aux antibiotiques

Le phénomène de résistance aux antibiotiques est un problème de santé de première importance. Le secrétaire général de l’Organisation des Nations unies (ONU) Ban Ki-moon le qualifie même de «menace fondamentale». L'organisation a d'ailleurs traité cette problématique lors de son assemblée générale, en septembre dernier. Aux HUG, une équipe de chercheurs développe de nouvelles approches en vue d’enrayer cette menace. Leur technique pourrait permettre de prescrire des antibiotiques spécifiques grâce à l’identification précise de gènes de résistances inclus dans le génome des bactéries.

Les cultures de Pasteur

Le problème est que les moyens actuels pour déterminer la nature de l’infection bactérienne datent d’une autre ère. Aujourd’hui encore, les bactéries sont mises en culture pour être identifiées, comme le faisait au XIXe siècle Louis Pasteur, pionnier de la microbiologie. La croissance des bactéries prélevées sur le patient est testée dans des milieux contenant divers antibiotiques. Si les bactéries ne se développent pas dans un milieu précis, c’est que l’antibiotique y est efficace. Il sera alors prescrit au patient. Mais le temps nécessaire pour la réalisation de ces tests n’est pas négligeable.

Or, lors d’une infection bactérienne grave, le traitement doit se faire en urgence dans un laps de temps de l’ordre de l’heure, la vie du patient étant en jeu. C’est le cas notamment pour les septicémies – infections généralisées de l’organisme - ou pour les infections sévères des patients immunosupprimés comme les transplantés. Dans ces cas, le premier geste des médecins est donc de prescrire un antibiotique à large spectre qui est efficace sur un grand nombre de bactéries. Il faut ensuite attendre l’identification des bactéries et de leurs résistances pour pouvoir choisir un antibiotique spécifique et combattre l’infection de manière ciblée.

Un des inconvénients des antibiotiques à large spectre est qu’ils ne détruisent pas seulement les bactéries responsables de l’infection. Toutes les autres bactéries inoffensives composant le microbiote le sont également. Seules restent les éventuelles bactéries résistantes, porteuses d’une mutation génétique leur conférant la capacité de ne pas être détruites. Dans le cas où de tels organismes existent, elles sont alors favorisées par l’antibiotique et vont se multiplier. Le risque étant ensuite que cette multiplication provoque une nouvelle infection de l’organisme, voire que les bactéries résistantes soient transmises à autrui.

Identifier le résistome

Afin de pouvoir identifier plus rapidement les bactéries résistantes et utiliser le bon antibiotique, des scientifiques des HUG développent actuellement différentes techniques. Jacques Schrenzel, médecin responsable du laboratoire de recherche génomique genevois explique: «L’idée est d’aller chercher cette information directement dans leurs gènes. C’est comme chercher une aiguille dans une botte de foin: un échantillon provenant d’un patient contient beaucoup plus de cellules humaines que de cellules bactériennes. L'un de nos axes de recherche vise donc d’abord à pouvoir facilement isoler l’ADN des bactéries.»

Puis vient l’étape du séquençage du génome. Des techniques dites de nouvelle génération, utilisées depuis 2005 environ, permettent d’obtenir un génome très rapidement et à moindre coût. Une fois séquencé, il faut pouvoir y déceler des signes de résistance aux antibiotiques. Pour cela, l’équipe des HUG a développé un algorithme qui recherche des séquences précises que l’on sait correspondre à des résistances aux antibiotiques. «Le résistome, autrement dit l’ensemble des gènes de résistances est bien connu pour certaines bactéries, explique Dominique Blanc, chef du laboratoire d’épidémiologie du CHUV. C’est notamment le cas pour le staphylocoque doré, qui est dans le top trois des bactéries responsables d’infections.»

«Bien sûr, ce n’est pas toujours aussi simple, remarque Jacques Schrenzel. Parfois, il suffit d’une ou deux mutations dans un gène d’importance pour qu’une résistance apparaisse, elles ne sont pas forcément faciles à détecter. Et tous les mécanismes de résistance ne sont pas encore connus». L’approche génétique comporte aussi ses lacunes. «Tout n’est pas visible dans les gènes, rappelle-t-il. Une structure peut être existante mais pas forcément activée. Dans le cas des pompes cellulaires, qui permettent d’évacuer des substances comme les antibiotiques par exemple, notre approche permet de savoir si ces pompes existent mais pas si elles fonctionnent.»

Pour l’heure, ces techniques sont encore en développement. «Mais une grande étude visant à valider l’approche est en cours», conclut Jacques Schrenzel.

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